Za vrijeme Domovinskog rata, krajem 1991. i početkom 1992. godine, Kneževa palača je bila pogođena s osam projektila velikog kalibra koja su prouzrokovala velika oštećenja i vidno narušila statiku same građevine. Na palači je došlo do velikih fizičkih oštećenja i teških deformacija sistema konstrukcije, proboja krovova, stropova i zidova te uništenja prostorija i pripadajućeg inventara.
Uništen je veći dio krovišta, probijena ulična fasada, razorena unutrašnjost, uništen inventar. Velike pukotine na ziđu svjedočile su o deformaciji konstrukcije građevine. Stropni ukrasi – štukature potpuno su uništene u prostorijama sjevernog krila i teško oštećene u južnom krilu. Građevina je bila onesposobljena za bilo kakvo korištenje.
