Kneževa palača je građevina koja je najviše razorena tijekom Domovinskog rata u Zadru. Krajem 1991. i početkom 1992. godine pogođena je s osam projektila velikog kalibra što je uzrokovalo ogromna oštećenja i onesposobilo građevinu za bilo kakvo korištenje. Na palači je došlo do teških deformacija sistema konstrukcije, velikih fizičkih oštećenja i proboja krovova, stropova i zidova te demoliranja prostorija i unutrašnjeg inventara.
Nedugo nakon razaranja, 1993. godine, Konzervatorski odjel u Zadru izradio je osnovnu dokumentaciju, te organizirao i vodio sondažna istraživanja u prostorijama prvog kata palače kojima je ustanovljeno postojanje više slikanih slojeva 19. stoljeća.
1999. godine krenulo se s istražnim radovima kao preduvjetom za izradu projekta konsolidacije građevine a zatim i cjelovitog projekta obnove. Tijekom sljedećih par godina izvedena su geomehanička, statička, arheološka, konzervatorska i restauratorska istraživanja koja su rezultirala novim spoznajama bitnim za buduću obnovu. Arheološkim istraživanjima ustanovljeni su prvenstveno povijesni slojevi koji prethode izgradnji srednjovjekovne palače, kao i najraniji slojevi same građevine te su pronađeni i ostaci koji svjedoče o načinu korištenja prizemnih dijelova sklopa. Konzervatorskim istraživanjima utvrđeno je da je sačuvan veći dio srednjovjekovne osnove palače, i to s arhitektonskim elementima različitih razdoblja, kao i opseg obnove izveden u 19. stoljeću. Geomehaničkim i statičkim istraživanjima utvrđena su teška oštećenja konstrukcije građevine koja je u cijelosti izrađena od klesanog kamena sa drvenim međukatnim i krovnim konstrukcijama.
Slijedom novih spoznaja Kneževa palača valorizirana je kao vrijedan arhitektonski spomenik kulture. Projektnom dokumentacijom predviđeno je čuvanje svih zatečenih povijesnih struktura te faksimilska obnova klasicističkog izgleda palače 19. stoljeća.
U sklopu radova statičke konsolidacije palače sve zidane strukture građevine su injektirane, a teško oštećeni dijelovi poput vanjske fasade prvog kata sjevernog zida, su prezidani. Drvena međukatna i krovna konstrukcija, koja je bila u dobrom stanju, je konzervirana i sačuvana, a propali ili uništeni dijelovi zamijenjeni su novima. Međukatne konstrukcije dodatno su učvršćene postavljanjem trostruke daščane oplate na drvene grede. Obnovljeno je krovište i zamijenjena stolarija, te su uređene vanjske fasade sklopa. Navedene radove obnove financiralo je Ministarstvo kulture Republike Hrvatske i Grad Zadar. Svi radovi izvedeni su pod nadzorom Konzervatorskog odjela u Zadru, projektnu dokumentaciju izradilo je poduzeće „D&Z“ dok je radove izvodilo građevinsko poduzeće „Duca“ iz Zadra. Restauratorske radove na štukaturama izvodi Hrvatski restauratorski zavod. Također valja spomenuti da je prema postojećim arhivskim nacrtima dipl. ing. šum. Dragutin Kiš izradio projekt obnove vrtova Kneževe palače.
Izvedenim radovima afirmiran je spomenički karakter Kneževe palače i stvoreni uvjeti za daljnje uređenje sklopa.
